Voor uitgaven in het ruimtelijke domein zijn diverse financieringsbronnen. Allereerst de reguliere begrotingsmiddelen, die gevoed worden door de belastingontvangsten. Daarnaast zijn er middelen beschikbaar uit het Fonds Economisch Structuurversterking, de Europese Structuurfondsen, bijdragen van derden. Ook kunnen maatregelen worden genomen waarbij (extra) middelen worden gegenereerd. De diverse middelen worden op basis van politieke keuzes verdeeld over de diverse begrotingen.

Voor de financiering van ruimtelijke investeringen kan onder meer geput worden uit het FES. Dit is een fonds waarbij middelen naar begrotingen van de relevante departementen worden verdeeld. Decentrale overheden kunnen derhalve geen direct beroep doen op dit fonds. Het fonds vindt zijn basis in de FESwet. Hierin wordt de voeding van het fonds geregeld en aangegeven dat uit dit fonds uitgaven worden gedaan voor investeringsprojecten van nationaal belang, die de economische structuur versterken.

De FES-wet onderscheidt enkele uitgavencategorieën: verkeer- en vervoerinfrastructuur met inbegrip van kosten die samenhangen met milieumaatregelen, bodemsanering, stedelijke en ecologische hoofdstructuur, technologie-, telecommunicatie- en kennisinfrastructuur. Dit kabinet heeft besloten de uitgavencategorieën waterbeheer, verduurzaming van de energiehuishouding en ruimtelijke investeringen hieraan toe te voegen. Voor de periode 2008 - 2020 is circa € 1 miljard voor de Nota Ruimte en circa € 6,5 miljard voor de Nota Mobiliteit gereserveerd. Na toekenning van de desbetreffende FES-middelen maakt dat bedrag deel uit van de reguliere begroting van de betrokken departementen.

In het Coalitieakkoord is afgesproken dat de FES-wet wordt gewijzigd. Er is een nieuwe voedings- en uitgavensystematiek geformuleerd met meer stabiliteit (vaste voeding). De voeding wordt voor deze kabinetsperiode vastgezet, door deze gelijk te stellen aan de begrote uitgaven uit het FES. Voor de jaren daarna wordt voorgesteld om het FES te voeden met het rendement van de waarde van het aardgasvermogen, volgens de formule: FES-voeding = risicovrije reële rente x waarde aardgasvermogen x een nader te bepalen percentage van maximaal 100%. Hierdoor wordt (een deel van) het resterende aardgasvermogen omgezet in een structurele en stabiele reeks aan FES-voeding, waardoor ook na het opdrogen van het aardgasvermogen voeding blijft. Met de waarde van het aardgasvermogen wordt bedoeld de contante waarde van de reeks (te verwachten) aardgasbaten vanaf de inwerkingtreding van de systematiek, nu voorzien in 2012. Het is de bedoeling dat deze systematiek samen met de aangepaste FES-domeinen integraal in één wijziging van de FES-wet worden vastgelegd. Deze wetswijziging wordt momenteel voorbereid (TK, 31200 D, nr. 11).

Op de begroting van de Europese Unie (EU) staat als uitgavencategorie de post Structuurfondsen. Deze fondsen zijn bedoeld als aanvulling op het regionale beleid en dienen ter versterking van de sociaaleconomische samenhang in de EU. Het gaat hierbij onder andere om: Europees Fonds Regionale Ontwikkeling (EFRO), Europees Sociaal Fonds (ESF), Cohesiefonds. Ten behoeve van investeringen in het ruimtelijke domein wordt een beroep gedaan op deze fondsen. Deze fondsen moeten een belangrijke bijdrage leveren aan de Lissabonagenda die de EU in 2010 tot de meest concurrerende economie moet maken. Het Europese cohesiebeleid moet hier een bijdrage aan leveren. Het beleid kent vanaf 2007 drie doelstellingen: (1) Convergentie: gericht op de minst welvarende landen en regio’s, (2) Regionale concurrentie kracht en werkgelegenheid: gericht op alle overige regio’s en (3) Europese territoriale samenwerking: gericht op alle regio’s in de EU. Nederland komt in aanmerking voor doelstellingen 2 en 3 en ontvangt hiervoor in de periode 2007 - 2013 in totaal € 1.907 miljoen uit het ESF en het EFRO. Daarvan is € 1.660 miljoen voor doelstelling 2 en € 247 miljoen voor doelstelling 3. In het Nationaal Strategisch Referentiekader (NSR) is vastgelegd waar Nederland dit geld aan besteedt. Voor fysieke investeringen in het ruimtelijk domein is doelstelling 2 met de prioriteiten (1) innovatie, ondernemerschap en kenniseconomie, (2) attractieve steden en (3) attractieve regio’s, relevant. In de periode 2007 - 2013 is € 830 miljoen beschikbaar voor de vier landsdelen. Uitgangspunt is dat minimaal 45% wordt besteed aan de prioriteit innovatie, ondernemerschap en kenniseconomie.

Nederland kan ook een beroep doen op middelen voor de realisatie van het Trans-Europese Transportnetwerk (TEN). Dit netwerk wordt van belang geacht voor de versterking van de Europese concurrentiekracht en dus voor het realiseren van de Lissabon-doelstellingen. De EU draagt in beperkte mate financieel bij. Voor het Meerjarenprogramma 2007 - 2013 is circa E 8 miljard beschikbaar, terwijl de kosten voor de totstandkoming van alleen al de in 2004 gedefinieerde 30 prioritaire projecten op € 250 miljard zijn geraamd. Vanwege het beperkte budget schenkt de Europese Commissie (EC) bij de verdeling met name aandacht aan kritische grensoverschrijdende trajecten en andere belangrijke bottlenecks op de prioritaire corridors. Tevens geeft de EC prioriteit aan de financiering van implementatie het Europese treinbeveiligingssyteem (ERTMS/ ETCS) en aan projecten op het gebied van Air Traffic Management (ATM), River Information Services (RIS) en Intelligent Transport Systems (ITS) (wegvervoer). Nederland heeft met name ingezet op het maximaliseren van de subsidie voor de Maasroute, ERTMS implementatie en op het ITS programma EASYWAY. Eind november 2007 heeft de EC voor het project Vaarwegverbetering Maasroute € 81,78 miljoen toegekend. Ook heeft Nederland subsidies gekregen voor diverse ERTMS-projecten (€ 27,2 miljoen), het verhogen van de spanning van een resterend onderdeel van de Betuweroute (€ 19,88 miljoen) en voor EASY WAY (ITS Weg) (bijna € 5 miljoen). Nederland zal bij de EC blijven pleiten voor subsidieverlening aan de oplossing van niet-prioritaire, nationale knelpunten met een Europese dimensie, zoals de A2 Passage Maastricht. Zodra de realisatie van de A2 start, zal een subsidieaanvraag worden ingediend. In 2004 en 2006 heeft dit project al een TEN-T bijdrage gekregen voor te maken studiekosten.

De grootste bijdragen van derden betreffen de bijdragen van decentrale overheden aan ruimtelijke projecten. In hoofdstuk 5 is bij de relevante projecten aangegeven wat de bijdrage van decentrale overheden (en/of bedrijven) is of wordt.

De overheid kan maatregelen nemen waarbij (extra) middelen worden gegenereerd, die eventueel voor uitgaven in het ruimtelijk fysieke domein kunnen worden ingezet. Deze maatregelen zijn veelal bedoeld om de financiering van infrastructuurprojecten sluitend te krijgen. In de Nota Mobiliteit zijn verschillende maatregelen met budgettaire effecten opgenomen; deze zijn noodzakelijk om de Nota financieel gedekt te krijgen.

Een eerste maatregel is Anders Betalen voor Mobiliteit, waarbij voor het gebruik van het motorvoertuig wordt betaald en niet voor het bezit. Centraal staat: het bezit en niet het gebruik, het verbeteren van de betrouwbaarheid van de weg, het verbeteren van de leefbaarheid, het beperken van de reistijd en daarmee het versterken van de economie. Het kabinet treft alle voorbereidingen om de invoering van een kilometerprijs gedifferentieerd naar tijd, plaats en milieukenmerken mogelijk te maken. In deze kabinetsperiode wordt een eerste uitvoerbare, betekenisvolle en onomkeerbare stap genomen op het gebied van een – binnen het eindbeeld passende – kilometerbeprijzing. Het verwachte effect is dat invoering van prijsbeleid invloed heeft op de vraag naar automobiliteit.

Een andere maatregel is tolheffing op wegenprojecten. Met de invoering van tol wordt beoogd aanvullende inkomsten te genereren om wegen of kunstwerken (tunnels en bruggen) te bekostigen. Tolheffing biedt ook de mogelijkheid inkomsten te genereren waarmee projecten eerder kunnen worden gerealiseerd (versnellingsprijs). Voor het mogelijk maken van tolheffing op bestaande wegen en de versnellingsprijs is aanpassing van de Wet Bereikbaarheid en Mobiliteit noodzakelijk. De wet ligt ter bespreking voor in de Tweede Kamer. Op dit moment (september 2008) wordt gedacht aan mogelijke tolopbrengsten bij Utrecht (ring Utrecht en driehoek A1/A27/A28), projecten in het noorden van de Randstad, (zoals de A6/A9), de A27 Lunetten - Hooipolder en de A13/A16 Rotterdam.

Een laatste maatregel is het doelmatiger (en mogelijk meer innovatief) aanbesteden en toepassen van publiek-private samenwerking. Met deze maatregelen wordt beoogd allereerst efficiencywinst te behalen door het gebruik van bepaalde contractvormen (zoals Design, Build, Finance, Maintenance (DBFM) -contracten). Ten tweede wordt ernaar gestreefd extra middelen te genereren en/of een hogere kwaliteit van een project te realiseren door gebiedsontwikkeling en de opbrengsten daarvan voor de financiering van nieuwe projecten te gebruiken. De nadruk ligt de komende jaren met name op het creëren van een andere manier van samenwerken tussen markt en overheid. Risicoverdeling neemt hierbij een belangrijke plaats in.