Zoals in hoofdstuk 1 is aangegeven, gaat dit MIRT niet in op projecten die door decentrale overheden uit het Investeringsbudget Stedelijke Vernieuwing (ISV), de Brede Doeluitkering Verkeer en Vervoer (BDU) en het ILG worden gefinancierd. Alleen voor het ILG wordt op programmaniveau een nadere toelichting gegeven. De doeluitkeringen worden door het rijk beschikbaar gesteld, maar de decentrale overheden zijn verantwoordelijk voor de uitvoering en programmering van hun projecten. Deze projecten zijn niet minder belangrijk, ze hebben immers ook effect op het ruimtelijk fysieke domein. In tabel 4.2 is een overzicht opgenomen van de drie doeluitkeringen. De cijfers zijn gebaseerd op de begroting 2009. Tussen de tabellen 4.1 en 4.2 zit overlap voor wat betreft het ILG.

Het ISV is een rijkssubsidie om de leefbaarheid van steden te verhogen. Het ISV vloeit voort uit de Wet stedelijke vernieuwing (Wsv), die op 1 januari 2000 in werking is getreden. Voorheen verstrekten VROM, LNV en EZ afzonderlijk van elkaar diverse bijdragen. Sinds 2005 zijn deze geldstromen samengevoegd tot één brede doeluitkering. Het ISV is speciaal ingesteld om door middel van een integrale aanpak de achterstanden in sommige buurten en wijken mee te helpen oplossen, de leefbaarheid te verbeteren en de aantrekkelijkheid van steden te vergroten. Gemeenten kunnen met ISV-geld hun voorzieningen voor wonen, ruimte, milieu (waaronder bodemsanering) én hun economische positie verbeteren. Het budget wordt verstrekt aan provincies en 31 grote(re) steden (G-31). Het ISV kent perioden van 5 jaar. Voor ISV II (2005-2009) is jaarlijks gemiddeld € 330 miljoen beschikbaar en voor ISV III (2010 - 2015) € 215 miljoen.

De BDU is zowel bedoeld voor de (mede)financiering van de exploitatie van het regionale OV als voor regionale investeringen in infrastructuur, duurzaam veilig en mobiliteitsmanagement. Met de BDU wordt een belangrijke verbetering beoogd in de realisering van het verkeer- en vervoerbeleid op regionaal niveau, in samenhang met dat op landelijk niveau. Belangrijk aspect is dat de geldstromen die vanuit het rijk naar de decentrale overheden gaan voor de uitvoering van specifieke onderdelen van het verkeer- en vervoerbeleid, gebundeld en ontschot zijn. De decentrale overheden wordt zo de ruimte geboden om prioriteiten te stellen (in tijd en uitgavencategorieën). De BDU bedraagt circa € 1.700 à € 1.800 miljoen per jaar. Momenteel wordt de omvang van de BDU geëvalueerd. De evaluatie wordt in goed overleg met de decentrale overheden uitgevoerd. Er wordt in drie scenario’s met oplopende ambitie gekeken naar de hoogte van de BDU. Referentie is het bestaande budget, inclusief onvermijdbare kosten als bijvoorbeeld luchtkwaliteit. In dit nul-scenario wordt eveneens geanalyseerd of de Nota Mobiliteitsafspraken worden gehaald.